財務收支審計的基本流程是：
第一、由單位主管部門或被審單位聘請會計師事務所，會計師事務所與委托方初步接觸，對擬進行審計的單位或建設項目的基本情況進行初步了解；
第二、簽訂業務約定書；會計師事務所進場進行現場審計，出具審計報告初稿；
第三、與被審單位或建設項目主管部門交換意見，出具正式審計報告。
財務收支審計的內容
一、實行預算管理的事業單位主要審計內容：
1.財務收入來源的合法性、入賬的完整性；
2.財務支出范圍的合法性、合規性、合理性；
3.資產的安全性等。
二、基本建設項目的財務收支審計的主要內容：
1.項目撥款是否按規定入賬
2.資金使用是否符合規定的用途；
3.資金是否安全等。
三、實行企業管理的單位財務收支審計的主要內容：
1. 對企業的會計資料，包括會計報表、會計賬簿和會計憑證的真實、合法進行審計。
2. 對企業資產，包括流動資產、長期投資、固定資產及其累計折舊、在建工程、無形資產、遞延資產和其他資產的安全完整、保值增值進行審計。
3. 對企業負債、包括流動負債和長期負債的情況進行審計。
4. 對企業所有者權益，包括實收資本、資本公積、盈余公積和未分配利潤的真實、合法進行審計。
5. 對企業損益，包括收入、成本費用和利潤的情況進行審計。
四、行政事業單位財務收支審計的主要內容：
A、財務收入方面
1、未經省級人民政府的財政部門會同物價部門批準進行收費。
2、應繳未繳財政專戶和沒有及時足額上繳財政及坐支應繳未繳收入。
3、賬外資金形成“小金庫”。
4、不按規定使用財政部門統一印制或監制的收費票據。
B、財務支出方面
1、發放各種補貼、獎金未經財政部門批準。
2、應交未交各種稅金及附加。
3、擠占、挪用專項資金。
4、虛假發票報賬。
5、亂列支出。
6、虛列支出。
7、購置固定資產未記入單位的固定資產賬。
8、超越單位權限處置資產。
9、購買控辦商品未辦理控辦手續。
C、財務其他方面
1、在往來款賬中長期掛賬。
2、其他需要注意的問題。
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